Die „Kantorei“ ist kein Gemeindechor im üblichen Sinne, sondern ein kreiskirchlicher Chor, dessen Mitglieder aus den verschiedensten Gemeindechören Münsters und Umgebung kommen. Daher nennt sie sich „Kantorei an der Apostelkirche“. Sie wird vom Kreiskantor geleitet, einem der beiden hauptamtlichen Kantoren im Evangelischen Kirchenkreis Münster.
Das Repertoire ist bestimmt durch die Geschichte der Apostelkirche als ältester evangelischer Kirche Münsters und durch besondere Aufgaben, die sich durch ihre zentrale Bedeutung ergeben: ihre Lage in der Altstadt, 200 m vom Dom und der Lambertikirche entfernt und als Ort der Identifikation für die Evangelischen Christen. Entsprechende Chorerfahrung und musikalische Vorkenntnisse werden erwartet.
Die Evangelische Kirchenmusik in Gottesdiensten und Konzerten hat hier ihren Ort und strahlt von hier aus. Besonders Bach, aber auch Schütz, Brahms, Mendelssohn, Pepping u.a. gehören zu ihrem Repertoire. Viele ChorsängerInnen kommen eigens in die Kantorei, um Bach zu singen. Aber auch weniger bekannte Oratorien und a-capella Werke deutscher, englischer oder französischer Komponisten stehen immer wieder auf dem Programm.
Die Kantorei tritt einerseits mit a-capella-Konzerten und Oratorien an die Öffentlichkeit, andererseits nimmt sie liturgische Aufgaben in Gottesdiensten der Gemeinde, des Kirchenkreises und der Ökumene wahr. Kantatengottesdienste am 2. Weihnachtstag und 2. Ostertag haben besondere Bedeutung und lange Tradition. Seit kurzem wird eine musikalische Vesper nach anglikanischer Tradition, der Evensong, auch in der Apostelkirche gefeiert.